Aleš Havlíček sice studoval fyziku na ČVUT, zároveň však docházel do bytových filozofických seminářů Ladislava Hejdánka. Formální filozofické vzdělání mohl dokončit až po změně režimu.
Už v roce 1991 založil nakladatelství Oikúmené, které se soustavně a ze sta procent jako jedno z mála v Česku věnuje filozofické a teologické literatuře. Společně se svým učitelem Ladislavem Hejdánkem také vedl filozofický časopis Reflexe.
Filozofickým oborem Aleše Havlíčka byla fenomenologie, zabýval se Platónem (vedl pravidelné mezinárodní platónské semináře) a byl editorem díla Jana Patočky. Od roku 2011 byl děkanem Filozofické fakulty Univerzity Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem.
