Reportér MF DNES Luděk Navara a jeho spolupracovníci získali trofej za dokumentární cyklus Příběhy železné opony, líčící osudy lidí, kteří se za totality pokusili utéci za svobodou. Na projekt, jenž má také knižní podobu, nyní v ČT navázala další řada V zajetí železné opony.
Také Trilobit pro Kristinu Vlachovou se váže k historickým návratům do éry komunismu: v časosběrných dokumentech Dračí setba a Kauza Uherské Hradiště sledovala režisérka projevy krutosti režimu v 50. letech i jeho pozůstatky v myslích současníků.
A do třetice rovněž Janu Šiklovi udělila porota ocenění Trilobit za dokument Nízký let z cyklu Soukromé století, který na základě svědectví jednoho lidského osudu podává obraz komunistické éry.
Tomáš Kudrna dostal cenu za dokument Wichterle, ztvárňující výjimečný osud, objevy a občanské postoje českého vědce, jehož vynález měkkých kontaktních čoček dobyl celý svět. Wichterleho jméno navíc otevřelo snímku cestu k mezinárodní koprodukci.
Pětici nositelů Trilobita za rok 2006 završuje Jana Hádková, jejíž dokument Legenda o Kischovi podle poroty „rozbíjí čítanková klišé, jimiž si komunistický režim přivlastňoval osobnost a dílo zuřivého reportéra Egona Ervína Kische“.
Zvláštní cena poroty připadla Erice Hníkové za snímek Sejdeme se v Eurocampu, který naopak mapuje současný život jedné vesnice po vstupu do Evropské unie. Dalším čtyřem dokumentům, a také animovanému filmu Fimfárum II, porotci udělili čestná uznání.
Cenu Vladislava Vančury získal posmrtně dokumentarista Pavel Koutecký „za svébytné umělecké vidění světa, experimentátorství, odvahu i osobitý humor“. Režisér filmů o Václavu Havlovi či Pražském jaru tragicky zahynul v dubnu 2006.
