Kapelu založili začátkem roku 1989 tři bývalí členové slavné novovlnné skupiny Letadlo, bubeník Jiří Šimeček, baskytarista Petr Václavek a kytarista Ivo Heger s několika dalšími hudebníky. Postupem vykrystalizovala v kvarteto s Petrem Chromovským na postu zpěváka.
Svým mixem tehdy moderního kytarového popu a la Manchester s typicky pražskou atmosférou si Toyen brzy získala zájem posluchačů i médií. Byla jednou z hlavních akvizic hudebního sdružení Nový horizont, které mělo svou základnu v prvním pražském rockovém klubu "nového typu" Rock Café.
Písnička Po stopách zmizelých železnic byla jedním z největších hitů roku 1990. Vzápětí následovalo pozvání ke koncertování v USA, kam se Toyen dostala jako jedna z prvních českých kapel a zahrála si mimo jiné v legendárním, dnes zrušeném klubu CBGB's. Její klip Last Free Swans – po přechodu kapely k angličtině – k titulní písni debutového alba, byl zařazen do vysílání MTV.
K češtině se Toyen vrátila na dalším albu Malíř smutnej, natočeném v roce 1993, kdy Iva Hegera nahradil kytarista Jiří Křivka. S ním si kapela zahrála před pražským koncertem Depeche Mode. V roce 1997 ještě vydala třetí album Ia Orana a odmlčela se. Od roku 2009 se objevuje velmi sporadicky na klubových pódiích v nejslavnější sestavě.