Příběh filmu začíná v okamžiku, kdy starý král zakletý v žábu umírá a pověří Shreka, aby převzal královský trůn.
Zelený zlobr ale zjistí, že ho vláda spíše obtěžuje, než těší. S Oslíkem a Kocourem se proto vydá najít bratrance své ženy Fiony krále Artuše, aby se on ujal vladařských povinností.
Shrekovy nepřítomnosti ale využije zákeřný princ Krasoň, který chce království získat pro sebe. Jeho plány ovšem hatí komando ženských hrdinek v čele s královnou Fionou.