Narodil se 2. listopadu 1866 v moravských Hukvaldech. Vyrostl na Hané. V 80. letech minulého století absolvoval učitelský ústav v Příboru. Působil jako učitel v Bystřici pod Hostýnem, Vizovicích, Olšanech, Kyjově a nakonec dvaadvacet let v Uherském Hradišti, nejdřív jako učitel kreslení a pak jako ředitel dívčí školy.
Byl nadšeným učitelem a bojovným vlastencem, jako venkovana ho však ze všeho nejvíc zajímal moravský a český národopis. V letech 1906-1909 se spolu s dalšími učiteli z Moravského Slovácka zúčastnil "v terénu" sběru materiálu pro folkloristickou monografii Slovácké dítě.
Při té příležitosti se seznámil i s mnoha projevy ústní lidové slovesnosti, které byly pro svůj erotický a skatologický (s vyměšováním souvisící) obsah z literatury dosud vyřazovány. Ve stejné době se mu navíc dostalo do ruky dílo vídeňského profesora Friedricha Krausse, který v letech 1904-1913 vydával sborník Anthropophyteia, do té doby nejobsáhlejší soubor lidové erotiky a skatologie, posbíraný hlavně v německé jazykové oblasti.
K. J. Obrátil se rozhodl, že připraví českou obdobu spisu jako separát Anthropophyteie. Profesor Krauss však zemřel, a tak si Obrátil musel poradit sám.
Počátkem dvacátých let nebyl v republice neznámý. Už před válkou se na Uherskohradišťsku angažoval v místní politice, byl členem Masarykovy realistické strany, přátelil se s Macharem, bojovně řídil týdeník Nová Slovač (později Zájmy Slovače), funkcionařil v Sokole. Počínaje rokem 1906 vydával populární čítanky národních buditelů Havlíčkovu, Husovu, Masarykovu, Drtinovu, v osvobozené republice ještě Jiráskovu, Chelčického, Žižkovu a další.
Ve spíše konzervativních učitelských vrstvách na jižní Moravě se jeho činnost setkávala s kritickým ohlasem, a tak nepřátelé jeho zájem o erotiku použili proti němu: počátkem 20. let zinscenovali nález fotografických ženských aktů, ženského prádla apod. v jeho ředitelském stole. Bylo proti němu zavedeno disciplinární řízení, které se vleklo čtyři roky. "Byl jsem před veřejností stigmatizován jako vyvrhel lidské společnosti, dámy mně přestaly děkovat na můj pozdrav, lidé se mě stranili," stěžoval si. Nakonec byl sice rehabilitován, vydání jeho Kryptadií, sbírky erotické a skatologické lidové slovesnosti, se však mohlo uskutečnit až ve 30. letech.
Obrátil ovšem nebyl jenom odborníkem v oblasti lidové erotiky, byl především vzdělaným znalcem a milovníkem vzácných knih. Jeho sbírka bibliofilií patřila u nás za první republiky k nejcennějším, sbíral však i rukopisy známých lidí, plakáty, erotickou grafiku atd. Jen počet svých exlibris odhadoval v polovině 20. let na 11 tisíc. Psal si se sběrateli z celého světa. Zabýval se heraldikou, kreslil, fotografoval. Pracovali pro něho přední výtvarníci jako František Kupka, Jan Konůpek nebo proslulý klasik erotické kresby Franz von Bayros.
Zájem o erotiku, již v malých nákladech také sám vydával, vyplnil jeho život neustálým střetáním s policií a s celními úřady, které mu jeho knihy či poštovní zásilky často zabavovaly. Nemohl své knihy šířit veřejně, proto jich většinu prodával proti podpisu s výslovným upozorněním, že nesmějí být ukazovány ženám nebo osobám mladším osmnácti let.
Dařilo se mu proplouvat mezi zákazy až do doby, kdy přišli nacisté. Za protektorátu několikrát vpadlo do jeho bytu gestapo a vydrancovalo jej. "Tři dny řádili v mém příbytku, a nakonec odvezli celou moji knihovnu," psal zničeně. "Měl jsem v ní přes 12 000 knih, unikáty, kterých už asi nikdy neuvidím." Karel Jaroslav Obrátil zemřel na samém sklonku války, 5. dubna 1945.
Původní vydání Kryptadií vyšlo ve 30. letech v pouhých třech stech číslovaných výtiscích a zůstalo širší veřejnosti utajeno.
Ta se s ním prostřednictvím reprintu z nakladatelství Paseka může seznámit až dnes.