Podle deníku se spisovatel, který se netajil svou levicovou orientací, "vědomě postavil na stranu plevelu v evangelickém poli obilí".
"Říkal, že ztrácí schopnost spánku při pouhé myšlence na křižácké války nebo na inkvizici, ale zapomíná na kulturní i náboženský gulag, čistky, genocidy i samizdat."
Osservatore Romano autora definuje jako "protináboženského ideologa, člověka a intelektuála, který nepřipouští žádnou metafyziku, uzavřeného až do morku kostí do své hluboké důvěry v historický materialismus, rozuměj marxismus". Saramago prý je "extremistický populista", který se "příliš pohodlně pouštěl do Boha, v nějž nikdy nevěřil z důvodu vlastního pocitu všemocnosti a všeznalosti".
Saramago katolickou církev pobouřil především svým románem Evangelium podle Ježíše Krista z roku 1991, v němž vylíčil Krista jako muže, který pátral a pochyboval o své víře a o panictví přišel s Máří Magdalenou.
V roce 2009 znovu vyvolal zlobu katolíků románem Kain, v němž toto personifikované biblické zlo, vraha svého bratra Ábela, popisuje jako lidskou bytost nijak horší ani lepší než ostatní kolem něj, zatímco Boha líčí jako nespravedlivého a závistivého. Při prezentaci této knihy Saramago přiživil polemiku s církví tím, že bibli označil za "příručku špatných mravů".
Saramago byl jediným Portugalcem oceněným Nobelovou cenou za literaturu. Její udělení Královskou švédskou akademií v roce 1998 vzbudilo jak nadšení jeho přátel, tak zděšení a ostré výhrady v řadách odpůrců. Ty se týkaly zejména autorových levicových postojů.
S kritikou již tehdy přispěchal také Vatikán. Konzervativní kruhy později přiměly státní úřady, aby stáhly Saramagovu kandidaturu na Evropskou literární cenu. Brzy nato však Portugalská asociace spisovatelů udělila románu Evangelium podle Ježíše Krista svou Velkou cenu. Kromě této ceny obdržel Saramago celou řadu dalších mezinárodních i portugalských ocenění. Několik univerzit mu udělilo čestné doktoráty.
Pro jeho styl vyznačující se hořkou ironií, sarkasmem a zvláštním magičnem vymysleli publicisté dokonce název - "saramagismus".
Saramago zemřel na rakovinu v pátek 18. června ve věku 87 let na španělském ostrově Lanzarote, kam se přestěhoval v roce 1993 na protest proti tehdejší portugalské konzervativní vládě.
