Podle policie byl sedmašedesátiletý Thompson nalezen s prostřelenou hlavou u svého domu ve Woody Creek v americkém státě Colorado.
Thompson byl v 60. letech spojován se směrem "nové žurnalistiky", v jehož rámci se on a další autoři snažili v článcích a reportážích více používat nástroje prózy.
Kultovní postavou tehdejší americké alternativní kultury se stal v roce 1971 díky své knize na pomezí fikce a žurnalistiky Strach a svrab v Las Vegas s podtitulem Divoká pouť do srdce amerického snu.
Stejně jako své další knihy a reportáže i tento opus popisující motocyklové závody napsal v první osobě, nepředstíral snahu o objektivitu a mísil v ní předmět reportáže s vlastními alkoholickými a drogovými úlety a svými střety a autoritami. V roce 1998 byla kniha zfilmována v hlavní roli s Johnnym Deppem. V Česku byla filmová adaptace uvedena pod názvem Strach a hnus v Las Vegas.
V roce 1972 vydal kompilaci článků, které psal pro časopis Rolling Stone o tehdejší prezidentské kampani, pod titulem Strach a svrab v kampani.
Vítěz tehdejších voleb Richard Nixon, který posléze odstoupil během aféry Watergate, řekl, že Thompson představuje "temnou, zkorumpovanou a nevyléčitelně násilnou tvář amerického charakteru".
K Thompsonovým dalším dílům patří sbírka esejů z období Watergate Velký lov na žraloka či jeho články o volebním vítězství Billa Clintona Lepší než sex.
Loni vydal svou poslední knihu Hej Rube: Krvavý sport, Bushova doktrína a klesající spirála hlouposti.