V neudolatelné práci mu přitom nezabránila ani ztráta zraku, která poznamenala posledních šest let jeho života. Svého akademického vzdělání nabyl Polišenský ještě v době mezi dvěma světovými válkami, tedy v prostředí mohutného rozmachu české vědy, v otevřeném ovzduší filozofické fakulty tehdejší české pražské univerzity. Již od studentských dob, díky učitelům anglistovi Vilému Mathesiovi a historikům Josefu Šustovi a Karlu Stloukalovi, se Polišenský orientoval jednoznačně evropsky a viděl problematiku českých zemí vždy jen jako součást evropského kulturního celku.
Akademickou dráhu mohl nastoupit - jako asistent pražské filozofické fakulty - až po druhé světové válce, kterou strávil jako učitel na středních školách. Svůj zájem přitom směřoval v první řadě na dějiny zemí západní Evropy v novověku a jejich vztah k zemím českým. Odtud habilitační spis Anglie a Bílá hora (1947) a práce Nizozemská politika a Bílá hora (1958). V roce 1957 byl jmenován profesorem obecných dějin UK, jako externí učitel však působil zároveň na Palackého univerzitě v Olomouci.
V šedesátých letech Polišenský významně vstoupil do tehdy v západním dějepisectví probíhající diskuse o krizi 17. století prací Třicetiletá válka a evropská krize 17. století. Charakterizoval v ní tento konflikt jako střet dvou odlišných politicko-hospodářských systémů. Vedle toho patřila k jeho tématům osobnost Komenského či dějiny rodné Moravy. Přelom šedesátých a sedmdesátých let znamenal sice pro Polišenského odchod z katedry obecných dějin pražské filozofické fakulty, novým působištěm se mu však stalo Středisko iberoamerických studií FF UK, které následující desetiletí vedl a které určovalo podstatnou část jeho následné badatelské činnosti. Český odborný zájem o dějiny a kulturu Latinské Ameriky je tak neodmyslitelně spjat s Polišenského jménem: sem patří pedagogické a organizační vedení Střediska, vydávání periodika Iberoamericana Pragensia, ale především sestavení monumentálních Dějin Latinské Ameriky (1979), jež dodnes představují vzor interdisciplinárně pojaté historické syntézy.
Sedmdesátá a osmdesátá léta však pokračovala ve znamení neuvěřitelné pestrosti témat. Od iberoamerických studií byl jen krok k dějinám českého vystěhovalectví do Nového světa, tématu snad Polišenskému osobně nejmilejšímu. Dalším jeho zájmem byly politické dějiny 19. století (Napoleon a srdce Evropy, Revoluce a kontrarevoluce 1848 v Rakousku), zároveň pokračoval ve studiích komeniologických či ve vydávání učebnicových syntéz.
Všechny Polišenského odborné práce se přitom vyzn ačovaly důrazem na co nejširší dobový kontext a na vztah mezi jedincem a společností jeho doby, stejně tak jako i metodologickou pestrostí, a to i v nelehkých padesátých letech. Polišenský zkrátka zosobňoval v dnešní době krajní specializace vymírající typ historika, totiž historika univerzálního.
Život Josefa Polišenského je svědectvím o českém "krátkém" dvacátém století, o vyrovnání se s nelehkými podmínkami, kterým byla česká věda v jeho průběhu vystavena. Polišenský byl přitom jak doma, tak i v zahraničí vnímán jako záruka vysoké odborné úrovně historické práce, držící krok s progresivními trendy západního dějepisectví. Ačkoliv byl od sedmdesátých let prakticky zbaven pedagogické činnosti, ctí jej velké množství historiků u nás i v zahraničí jako svého učitele, ochotného přijmout každého ve svém vršovickém bytě a napomoci radou či kritikou.
Své poslední semináře na pražské filozofické fakultě, kde mohl po roce 1989 znovu přednášet, nazval příznačně Historikovy ztráty a nálezy. Adeptům historického řemesla se v nich pokoušel nastínit úskalí myšlení a psaní o dějinách. Sám byl historikem mnohem více nálezů než ztrát: jeho způsob života, jeho optimismus a věčně mladická touha po poznání jinou možnost ani nedovolovaly.
