Bondy se narodil v roce 1930 jako syn generála československé armády. Na bohémskou dráhu se ale vydal už v raném věku, poté, co v sedmnácti letech přerušil studium na gymnáziu.
Ačkoli celý život čerpal z marxismu, únorové komunistické horečky zůstal ušetřen. "Bolševickou oblbovačku prokoukl hned v zárodku. Uvědomil si to, co není většině zcela jasný dodnes, že nelze zaměňovat bolševickou totalitní ideologii, která se ohání Marxem, za marxismus samotný," vzpomíná na Bondyho Honza Burian.
Na konci 40. let začal Fišer používat jméno Egon Bondy. Židovský pseudonym si zvolil na protest proti antisemitskému zabarvení vykonstruovaných procesů v Sovětském svazu i u nás.
Zájem o filozofii ho koncem padesátých let přivedl na Karlovu univerzitu. Studium absolvoval a první kniha Otázky bytí a existence mu vyšla pod vlastním jménem v roce 1967. Bondyho myšlení v sobě spojovalo prvky čínské filosofie, marxismu a nesubstanční ontologie.
Později měl Bondy blízko ke skupině Plastic People of the Universe. "Věrný svému androšskému image a ožralství je strávil s Plastikama, který šíleli z jeho textíků," vzpomíná Burian na 70. léta. Tehdy se také Bondy spřátelil s Ivanem Magorem Jirousem a J. H. Krchovským.
Přestože kritizoval reálný socialismus, za Chartu 77 se nepostavil. Považoval ji za stínový establishment a výtah k moci. Na Bondyho osobnosti nicméně ulpěl i stín v podobě spolupráce s komunistickou Státní bezpečností. Spolupracoval s ní v několika vlnách od 60. do 80. let.
K polistopadovému vývoji byl Egon Bondy kritický, často brojil proti konzumní společnosti. V devadesátých letech, údajně na protest proti rozdělení Československa, přesídlil do Bratislavy. V první polovině desetiletí přednášel filozofii. Jako zpěvák působil ve folkové kapele Požoň sentimental.
Bondyho dílo je obsáhlé. Zahrnuje čtyřicet básnických sbírek, množství próz, článků, filozofických textů a esejů. Paradoxně nejvíc ale možná Bondyho proslavily knihy, které sám nenapsal. Širší veřejnost ho zná především z Hrabalových knih Něžný barbar a Morytáty a legendy.
