Pražská část přehlídky již tradičně nabízí největší počet uváděných snímků. V dvanácti kinosálech (Blaník, U hradeb, Hvězda, Perštýn, Konvikt, Městská knihovna I-II., Praha I-II., Mat, Hlavní nádraží, Evald) se kromě premiér a předpremiér představí i filmy z celkem jedenatřiceti programových sekcí, které jako obvykle zahrnují nejrůznější retrospektivy významných tvůrců a několik přehlídek národních kinematografií.
Přehlídka bude zahájena i ukončena premiérami nových českých filmů, ve čtvrtek proběhne od 19 hodin v kině Blaník premiéra nové české komedie Ene Bene režisérky Alice Nellis, ve středu 26. ledna ukončí pražskou část Drhovo Početí mého mladšího bratra. Dalším českým filmem, který si na Febiofestu odbude svou premiéru, je Pramen života režiséra Milana Cieslara a scénáristy Vladimíra Körnera.
V kině Blaník budou uvedeny nejzajímavější novinky světové kinematografie, které se v nejbližší době objeví v české distribuci, největší očekávání z této sekce vzbuzují Michalkův Lazebník sibiřský, Johanka z Arku Luca Bessona, vítězný snímek z Karlových Varů Jana a její přátelé nebo celovečerní film, vycházející ze seriálu South Park.
Další specialitou letošního ročníku je speciální sekce, která nabízí nejslavnější filmy, světové i domácí, odehrávající se na nádražích a ve vlacích. Tyto snímky budou promítány za symbolické vstupné přímo v budově Hlavního nádraží.
Febiofest 2000 je rozčleněn na následující programové sekce:
Nové sekce:
Obyčejný Angličan
Svět nádraží a vlaků
Německý avantgardní film 60. - 90. let
Vzdálená blízká Ukrajina
Kavkazské filmy:
Retrospektiva Andrzeje Wajdy
Polský dokument
Rok 2000 ve filmu
Uruguayský film
Pozdrav z Belgie: Vlámové
Pozdrav z Belgie: frankofonní
HBO: Bez obalu
O židovství
Izrael: z různých úhlů pohledu - dokumenty
Dvojprofil: dokumentaristé Kossakovski - Stephanová
Pocta Miroslavu Ondříčkovi
Jiný břeh - jsme jiní
Retrospektiva Gianni Amelia
Tradiční sekce:
Novinky české tvorby
Projekt 100
Novinky světové tvorby
Francouzský film V. - Les film des Losanges
Na východ od Prahy
Ruská kinematografie
Divné videofilmy IV
Konec monopolu
Současná televizní tvorba
Jiná cesta
To nejlepší z Febia
Poklady archívu České televize: Jak jsme normalizovali
Televizní dokument: Jak jsme znovu objevovali
Izraelská kinematografie
Nové italské filmy